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Le site Natura 2000 « Cavités à chauves-souris en Bourgogne » se compose de 29 entités réparties sur lʼensemble de la région Bourgogne. Constitué de cavités naturelles et artificielles, son intérêt actuel repose sur lʼaccueil de nombreuses chauves-souris en période dʼhibernation et de transition (au printemps et à lʼautomne) et de populations en mise bas pendant la période estivale.

En France, toutes les espèces de chauves-souris sont intégralement protégées sur le territoire national et considérées comme prioritaires en Europe. Au sein des périmètres de ce site Natura 2000 FR2600975, il a été noté la présence de 15 espèces de chauves-souris dont 8 sont d’intérêt européen. Toutes sont présentes en hibernation et 5 espèces de chauves-souris sont concernées par des gîtes de mise bas.

Concernant les espèces d’intérêt européen, le site proposé prend en compte les populations régionales en hibernation suivantes (compte tenu des connaissances régionales, analyse de 1995 à 2004) :

Le type d’habitat principal du site Natura 2000 est inscrit à l’annexe I de la Directive « Habitats, Faune-Flore  » sous l’intitulé  » Grottes non exploitées par le tourisme « . Cet habitat est de très grande importance pour la conservation d’espèces d’intérêt européen de la même directive (chauves-souris, amphibiens…).

Les chauves-souris sont très sensibles au dérangement pendant la période de mise bas ou d’hibernation. Un aménagement ou des dérangements répétés liés à une sur-fréquentation humaine des lieux de vie (travaux, aménagement touristique, spéléologie, reprise d’exploitation de carrières…) peuvent entraîner la mortalité de chauves-souris ou leur déplacement vers d’autres sites plus paisibles. La disparition des gîtes ou leur modification est une des causes du déclin des chauves-souris (travaux condamnant l’accès par les chauves-souris comme la pose de grillage dans les clochers d’églises, fermeture de mines ou carrières souterraines, rénovation de ponts et d’ouvrages d’art, coupe d’arbres creux, modification des accès ou de la couverture végétale des cavités)